谈一谈fragment-based drug discovery，水平有限，内容也较多，仅是浅谈。
分两部分，首先简单介绍fbdd，然后看看截至目前fbdd发现的上市药。
fbdd，基于片段的药物发现，核心是筛选分子片段库，得到合适的fragment hit，一般也把后续的片段生长、分子优化包含在内。如图1所示，fbdd主要用在hit identification及hit to lead两个阶段(尤其是hit identification阶段)。
图1也大致示意了fbdd的流程，即先要有一个片段库以供筛选，然后针对特定靶标通过合适手段进行筛选；找到fragment hit后，一般要解析出其共晶结构、确定结合模式，然后基于结构(sbdd)进行片段生长、分子优化等工作。
图1 fbdd用于药物发现的阶段及大致流程
筛选分子片段的优点：可以用较少的数目探索较大的化学空间；得到的fragment hit分子量小、配体效率较高，后续优化的空间大。
fbdd的缺点：片段活性低，筛选需要很灵敏的检测手段；后续需要大量的优化工作。
图2总结了一些筛选手段的检测灵敏度(sensitivity)，分子片段一般活性很低，需要x-ray结晶、nmr、thermal shift、spr等手段，常规的酶活检测满足不了需求。
图2 部分筛选手段的检测灵敏度(sensitivity)图3统计了fbdd中各种筛选手段使用的比例，数据有点老(2013年)，其中图3a是问卷调查结果，图3b是文献统计结果。多数技术也不太了解，就不展开了。主要提两个吧：一个是x-ray，没错，它可以作为一种筛选技术，并且灵敏度很高(图2)；当然，缺点是通量低，不过好处是直接获得了共晶结构，方便后续优化。另一个是computational，计算，或者说(片段的)虚拟筛选，也是可能的；不过目前提到fbdd主要还是指实验筛选。
图3a/b 各种片段筛选手段的使用比例
筛到fragment hit之后，还有大量的优化工作，主要方法包括片段生长、片段连接、片段融合。片段生长很好理解，可能也是最常用的，就是在hit片段上继续添加基团、占据未占据的口袋空间，并形成新的相互作用、提高活性；片段连接也好理解，这需要同时筛到两个(或几个)占据口袋不同位置的片段，然后以合适的linker把它们连接起来、成为一个分子；片段融合也需要同时筛到不止一个片段，并且它们占据的空间有重叠，则有可能把这些片段的特征“融合”到一起，得到一个更大的分子片段。图4就是这样一个例子，其中第二步他们称为片段生长，但看起来也是片段融合。
图4 片段融合提高活性的一个例子
fbdd简介到此，下面看几个实例，可能也是截至目前fbdd方法发现的所有上市药(今年上市的kras抑制剂sotorasib跟fbdd也有些关联)。
即图5总结的4个分子：一个bcl-2抑制剂(venetoclax, 2016)，三个激酶抑制剂(见图)。
图5 截至目前fbdd方法发现的上市药
下面依次看看这4个分子的优化过程，需要说明的是，每个分子的优化都包含了大量艰巨的工作(venetoclax是一个典型)，篇幅有限，水平有限，不会展开，简单看看。
图6示意bcl-2抑制剂venetoclax的大致优化过程，这是一个难成药靶点(ppi)，通过fbdd筛出了两个结合在口袋不同位置的片段。然后是漫长、艰巨的优化工作，包括片段连接、片段生长等方法，基于解析的共晶结构。最终得到的分子也比较巨大，但可以口服，也是bro5一个典型例子。可以看到，经过重重优化，最终的分子结构中只保留了最初fragment hit的一些影子。
图6 bcl-2抑制剂venetoclax的大致优化过程图7示意braf抑制剂vemurafenib的大致优化过程，其中图7a截自原研文献，图7b截自后来一篇综述，内容基本一致。图7a的片段1，是最初的fragment hit，后续优化中基本得到保留(linker有改变)，其中n杂吲哚是母核。要注意图7a三个子图的激酶不同，分别为pim-1、fgfr、braf。还要注意图7b，所画2d结构有点小问题(部分linker有误，可参照图7a)。
图7a/b braf抑制剂vemurafenib的大致优化过程还是这家公司，用相同的母核(7-n杂吲哚)，优化出另一个上市激酶抑制剂，pexidartinib(csf1r/fms、kit)。如图8所示，向上优化plx4720得到vemurafenib，向下优化plx647得到pexidartinib。
其实现在看，n杂吲哚是个很平常的激酶抑制剂母核，仅凭这个推出两个上市药，更多还是依赖后续的大量优化工作。
图9示意fgfr抑制剂erdafitinib的大致优化过程，图9a可见一个典型的片段生长过程，其中compound 1为fragment hit，对fgfr及vegfr都有微弱活性，compound 2活性有提高、选择性变差，compound 3添加二甲氧基苯环，活性提高选择性提高；最后通过与另一个共晶分子的叠合(图9b)，受启示延伸出靠下侧链，进一步提高活性选择性。
图9a/b fgfr抑制剂erdafitinib的大致优化过程
小结
fbdd是一种行之有效的新药发现手段：优点是筛选较少片段可以覆盖较大化学空间，并且分子量小、无效基团少，为后续优化留足空间；缺点是筛选所用手段需很灵敏，而且后续需要大量的优化工作。此外，fbdd通常伴随sbdd(基于结构设计)，也通常需要解析较多共晶结构，一方面可以作为筛选手段，另一方面也为sbdd提供结构基础。截至目前，通过fbdd(包括后续优化)，已经有至少4个药物获批，未来还会有更多。但显然fbdd并不是完美无缺、无所不能，而是新药发现的手段之一。
最后，附上这4个上市药分子与主靶点的共晶结构截图。分别为venetoclax、vemurafenib、pexidartinib、erdafitinib，2d结构请参见图5。
图10a venetoclax结合bcl-2 (6o0k)
图10b vemurafenib结合braf (4rzv)
图10c pexidartinib结合csf1r (4r7h)
图10d erdafitinib结合fgfr1 (5ew8)
凡图片右下角没有水印的，都截自文献。
基于片段的药物设计研究进展
本文摘自---药精通 bio
